La Réforme protestante

Les ducs de Savoie, depuis Amédée VIII tentaient de réformer leurs Etats en remettant en cause les autonomies locales, ce qui ne pouvait manquer d’irriter les habitants de Genève passionnément attachés à leurs libertés. C’est dans ce contexte que se propagent ici au début du XVIe siècle et par le biais de marchands allemands les idées de la Réforme luthérienne. Le mouvement prend de l’essor dès 1530 avec le Dauphinois Guillaume Farel, qui devient le missionnaire des luthériens, mais aussi des Bernois, qui ont adopté la Réforme en 1528. Dès 1533 les réformés sortent de la clandestinité à Genève et organisent un sermon public sur la place du Molard, le 1^er janvier, avec Antoine Froment pour prédicant.

Le duc de Savoie, hostile a la Réforme, tente de prendre Genève à plusieurs reprises sans succès, ce qui renforce la volonté d’indépendance des Genevois et leur donne également une bonne raison pour embrasser la nouvelle religion. L’évêque Pierre de La Baume qui avait quitté Genève le 2 août 1527 réapparaît à Genève le 1^er juillet 1533, mais affolé par la tournure des événements il quitte la ville au bout de deux semaines. Durant l’année 1534 la plus grande partie de la population adhère à la Réforme. Le 10 août 1535 le Conseil des Deux-Cents suspend la messe : signe du passage officiel de la ville à la Réforme. Le 21 mai 1536 le Conseil général (assemblée des bourgeois) confirme l’adoption de la Réforme. Deux mois plus tard Calvin s’installe à Genève.

Le roi de France François 1^er, ainsi que les Bernois (pour des motifs différents, l’un visait l’Italie, les autres voulaient conquérir le pays de Vaud, territoire alors savoyard et imposer la Réforme) se liguèrent contre la Savoie. Au début de l’année 1536 treize mille hommes quittaient Berne et attaquaient le pays de Vaud qui, mal protégé capitula sans résistance. Le 1^er février Gex et son château se rendaient aux Bernois, tandis que les châteaux de Jussy et de Gaillard, ainsi que ceux de Thonon et des Allinges faisaient reddition aux Genevois. L’armée bernoise parvint à Saint-Julien le 5 février, avec l’intention d’attaquer le Fort de l’Ecluse. Tout autour de Genève, de nombreux châteaux et églises sont brûlés mais relativement protégé par son statut d’apanage, le Genevois ne fut pas occupé par les troupes bernoises.

Dès le 15 avril 1536, le Grand Conseil de Berne divisa le territoire conquis en six bailliages, Moudon, Yverdon, Lausanne, Vevey-Chillon, Thonon et Gex. Une ordonnance du 13 mai en créera deux nouveaux, Avenches et Ternier.

La réorganisation religieuse des territoires conquis figurait parmi les premières préoccupations de l’occupant Bernois. Dès lors l’ensemble de la population située au nord du Mont-Sion, à l’exception des communes situées à proximité du Vuache et quelques communes sur le versant occidental du Salève (soit sans doute la totalité du bailliage de Ternier) sont converties au protestantisme. Les paroisses les plus petites sont supprimées et quelques pasteurs sont chargés des paroisses subsistantes (Saint-Julien, Viry, Chénex, Archamps-Collonges, Gaillard, etc.)

Les bailliages de Ternier et Gaillard sont rendus effectivement au duc de Savoie le 26 août 1567. A la faveur de cette rétrocession, Emmanuel-Philibert laissait toute liberté à la religion protestante à Gex, Ternier, Gaillard et dans le Chablais sous le contrôle des Bernois mais sous réserve d’aucun prosélytisme en dehors de ces territoires.

Emmanuel-Philibert eut la sagesse de ne pas trop se mêler des questions religieuses. Tel n’était pas le cas de son fils, Charles-Emmanuel 1^er qui, sans avoir les talents de son père, souhaitait la soumission de Genève et l’unité religieuses dans ses Etats d’ou la reconversion autoritaire de la région au catholicisme et bien sûr de nouveaux conflits et escarmouches entre les troupes genevoises et savoyardes d’une part, savoyardes et françaises d’autre part, qui expliquent la construction du fort Sainte-Catherine sur les hauteurs de Songy-Viry, détruit en 1600, suite au passage dans la région du roi français Henry IV, stationné à L’Eluiset-Viry.

Le Pays de Gex et la Bresse sont définitivement perdus au traité de Lyon en 1601. L’épisode le plus connu de cette période est la piteuse tentative d’invasion de Genève, connue sous le nom d’Escalade (1602), qui conduisit Savoyards et Genevois à signer le traité de Saint-Julien (1603), qui pacifiait les relations entre Genève et la Savoie. Surtout Genève restait définitivement protestante et une frontière politique et religieuse allait diviser la région, Genève devenant une république théocratique et aristocratique, ayant quelques dépendances enclavées dans les territoires savoisiens et français.