La Savoie avait donc subi une longue occupation française de plus de vingt-trois ans ; elle avait connu alors un régime modéré auquel l’élite éclairée s’était ralliée sans difficulté. L’archaïsme féodal était atténué par les limites imposées au pouvoir des seigneurs laïques et ecclésiastiques. Une nouvelle Chambre des Comptes remplaçait celle qui était partie en Piémont. Les tribunaux d’exception avaient laissé la place à des instances chargées d’appliquer les procédures civiles et criminelles de droit français. Chaque province fut confiée à un bailli. On avait implanté des registres d’état civil dans chaque paroisse et ordonné l’usage de la langue française, à la place du latin, dans la rédaction des actes juridiques, administratifs et diplomatiques, suivant l’application de l’édit de Villers-Cotteret de 1539. En reprenant la tête de son duché, Emmanuel-Philibert se garda bien d’abolir les acquis novateurs hérités de la période française et poursuivit la modernisation des domaines de l’armée, des finances, du clergé, de la justice et de l’administration en général.

Parmi les créations d’origine française et par substitution à l’ancien conseil ducal, un Parlement avait été fondé à Chambéry sur le modèle de celui du Dauphiné, non sans provoquer l’hostilité des Grenoblois qui auraient préféré étendre leur compétence à la Savoie. Installée sous François I le 6 juin 1536 au château ducal, puis organisée par l’édit du 6 janvier 1539, cette juridiction fut déclarée souveraine par son successeur, Henri II, en 1549. Composée de parlementaires français, sauf quatre Savoyards, elle n’avait qu’un rôle politique limité à l’enregistrement des actes royaux et ne connut jamais ni la procédure des lits de justice ni le droit de remontrance à l’encontre du roi de France. Du fait de ses résultats positifs obtenus dans un contexte d’anarchie, cette institution fut maintenue, à son retour, par le duc, sous le nom de Sénat de Savoie. Elle fut réactivée par l’édit provisionnel du 12 août 1559 et confirmé enfin, le 11 février 1560. La compétence territoriale de cette modeste juridiction s’étendait à la Savoie propre, à la Bresse, au Bugey, à la Maurienne, à la Tarentaise et à la Vallée d’Aoste.

Emmanuel-Philibert, qui avait créé en même temps un Sénat pour le Piémont, tentait d’imposer son pouvoir personnel en insistant sur le respect absolu dû à cette juridiction et à ses décisions rendues en son nom. Pour lui, la cour souveraine participait à son propre prestige et à la majesté de la dynastie. Tout un cérémonial, auquel les Sénateurs furent toujours très attachés, renforça la dignité honorifique de l’institution qui supplantait son aînée, la Chambre des Comptes fondée en 1351. Il est à remarquer que les deux édits fondateurs, loin d’être contraignants, laissaient au contraire une marge d’initiative à ceux qui devaient organiser et faire fonctionner cet organe. D’une certaine manière, le duc était soucieux de faire valider sa politique en attribuant au Sénat les pouvoirs hérités des Etats Provinciaux en matière législative et constitutionnelle ; cette large compétence devait être un frein aux dérives constitutionnelles du pouvoir absolu du prince.