L’élan spirituel s’est traduit par la création de nombreuses maisons religieuses occupées par les jésuites, les oratoriens, les visitandines, les bernardines, les carmélites. Toutefois, ces congrégations se mirent à accaparer peu à peu tous les espaces urbains encore vacants, les faubourgs, les prairies et les terrains constructibles situés à proximité des remparts des villes. Les autorités publiques s’inquiétèrent car cet afflux provoqua un effet de saturation. Le problème devint préoccupant dans la mesure où, comme on le sait, les biens d’Eglise étaient inaliénables avant la Révolution Française. Le Sénat de Savoie et les syndics des villes préconisèrent des limitations salutaires à cette expansion excessive mais les décisions des pouvoirs civils ne furent pas suivi d’effets.

Dépossédée du Saint-Suaire, la Sainte-Chapelle de Chambéry connut cependant des aménagements architecturaux comme la façade baroque de style jésuite élevée entre 1640-1641 et les portes de noyer réalisées par l’artiste franc-comtois, François Cuénot, en 1663. La planche de Moûtiers montre la cathédrale du XI° siècle flanquée de ses quatre grands clochers romans à l’allemande et du palais archiépiscopal refait par deux prélats de la Contre-Réforme. Le nouveau collège et le grand séminaire complétaient la vocation religieuse de la cité. La cité d’Annecy était célèbre par la présence du corps de Saint François de Sales canonisé en 1665. Le couvent de la Visitation, les églises, le palais épiscopal de Tresum et collège ont été fidèlement reproduits par Borgonio. Au bord du lac Léman, la gravure de Thonon fait une large place au château de Ripaille endommagé par les Bernois et restauré pour loger les ermites de la Chartreuse de Vallon chassés par les protestants. Isolés et privés de revenus, les chartreux mirent un siècle à construire l’église baroque que la planche montre achevée ; elle ne le fut réellement qu’en 1764. La bourgade de Rumilly accueillait les nouveaux ordres monastiques autorisés par le Concile de Trente : les capucins, les bernardines et les visitandines. En ce qui concerne l’enseignement, le collège confié aux oratoriens fut agrandi de quatre classes pour un total d’environ quatre-vingts élèves ; de même, à La Roche, le collège fondé en 1569 comptait trois cents élèves en 1574 ; parmi eux, Guillaume Fichet, humaniste et futur Recteur de la Sorbonne. En 1628, cet établissement de grande qualité devint l’annexe des jésuites de Chambéry, alors évincés d’Annecy et de Thonon. Enfin, le Theatrum Sabaudiae réserve une vue à l’abbaye d’Hautecombe sur le lac du Bourget. On sait que depuis 1560, les ducs de Savoie n’étaient plus enterrés dans leur nécropole traditionnelle dont il ne restait au XVII° siècle qu’une église endommagée et quelques moines bénédictins. Le monastère actuel a été entièrement refait dans le style troubadour au début du XIX° siècle, entre 1824 et 1826, pour le roi Charles-Félix et la reine Marie-Christine.

On ne peut ignorer l’influence que les Bernois exercèrent en matière de religion sur le Chablais du XVII° siècle. Des clercs, des moines, des vignerons et des paysans, des familles parmi les plus cultivées, rallièrent la Réforme protestante malgré les mesures répressives et les interdictions successives proclamées par le duc et mises en application par les juges-mages. En 1686, Victor-Amédée II raffermit sa politique d’intolérance malgré les résistances locales. Il faudra attendre le début du XVIII° siècle pour connaître une certaine amélioration du statut des Protestants, par ailleurs totalement occultés dans les pages du Theatrum.